Marie naît à Nivelles (Belgique) en 1177 de parents nantis qu’elle déçoit bien rapidement à cause de son indifférence à l’égard des robes et des bijoux. Tout en connaissant bien le monde cistercien, elle ne veut pas devenir moniale. À 14 ans les parents l’obligent à marier Jean, lui aussi issu d’une famille aisée de Nivelles. Aussitôt après le mariage, enfin à l’abri de l’orbite parentale, Marie entreprend des intenses pratiques ascétiques de jeûne, de prière et de charité. Quelques mois après le mariage Jean vit une conversion qui le rapproche de Dieu. Ensemble ils se décident pour une « vie apostolitque » qui comporte aussi des relations conjugales comme frère et sœur, sans relations sexuelles. Ils quittent leur maison à Nivelles et rejoignent une communauté informelle de vie apostolique pas très loin, à Willambroux, laquelle vit près d’une léproserie. Ils y resteront durant 12 (ou peut-être 15) années. Le frère de Jean, Guido, est le chapelain de l’église locale et directeur spirituel de cette communauté.
Aves les autres membres de la communauté, Marie et Jean nourissent et soignent les lépreux, mais aussi d’autres malades et des pauvres, instruisent les enfant, offrent une formation religieuse et prient ensemble. Marie devient une « sainte vivante ». Beaucoup de gens parlent d’elle et veulent la voir. Elle est réputée avoir une prière efficace, elle sait lire dans les âmes, en reconnaissant même leur état de salut ou de péché et elle les invite à la repentance. Trop dérangée par des foules qui arrivent de la ville et des environs, en 1207 elle se retire dans les environs du prieuré de St Nicolas à Oignies, en vivant en récluse, dans une cellule à coté du chœur de l’église, une vie de jeun et de prière, mais en élargissant aussi des conseils spirituels. En 1208, elle connait Jacques de Vitry, un chanoine venant de Paris pour la rencontrer et devenir éventuellement son disciple. Marie l’incite à retourner à Paris, où il est ordonné prêtre en 1210, et puis de revenir à Oignies pour servir les lépreux et les nécessiteux. Marie devient sa “magistra”, inaugurant ainsi une forte complicité spirituelle grâce à laquelle ils ont été l’une pour l’autre un guide mutuel. Marie est aussi rappelée pour le don de prophétie et pour sa prédication, un apostolat adopté par les béguines du moins tant que Grégoire IX ne l’interdise en 1228. Elle est connue pour ses jeûnes impressionnants, le dernier desquels dura 53 jours : au moment de sa mort à l’âge de 36 ans, elle pesait 33kg. Cependant, contrairement à ce que l’on lit par ici et par là, elle n’a pas reçu des stigmates. Elle est si honorée au point d’être considérée la « première béguine », du fait aussi qu’autour d’elle se constitua la première communauté béguinale historiquement documentée. Elle meurt le 23 juin 1213, et ce jour elle est commemorée dans le Martyrologue chrétien. À l’occasion du premier dimanche après le 23 juin, une procession part de l’église Notre Dame de Oignies avec ses reliques.
Après sa mort on parla beucoup d’elle : il semblerait que même François d’Assises était l’un de ses admirateurs et que Grégoire IX (pape du 1227 au 1241) « s’arrêtait de blasphémer uniquement quand il portait à son cou le doigt de Marie d’Oignies » comme curieusement rapporté par l’historienne Chiara Frugoni dans Vita di un uomo: Francesco d’Assisi (Life of a man: Francis of Assisi), Einaudi, p.44.